地下二楼，魔兽地狱。
放置各种不同的凶暴魔界魔兽，最大的是巴基里斯克，老大则是斯芬克斯，关在此楼层的囚犯知道自己早晚会成为魔兽的粮食，连害怕的力气都没有，MR.3就是被囚禁在这层。
地下三楼，饥饿地狱。
从灼热地狱上来的热气而形成土地沙化，看守基本不会给此楼层的囚犯任何食物和热量，而日久天长，囚犯们的尸体会逐渐沙化，从而形成沙子。MR.2就是被囚禁在这层。
地下四楼，灼热地狱。
大监狱署长麦哲伦的办公室，气温非常高，正如一个巨大的铁锅，全是滚沸的血池和火海，囚犯在入狱前要在此层被灼热来消毒。MR.1就是被囚禁在这层。
地下五楼，极寒地狱。
此层囚禁的都是过亿的悬赏海贼，关在此楼层的囚犯身处在比大冰库还低温的环境内，身体严重冻伤直到死亡，结冻地狱的森林里还饲养了大量的“军狼”。值得一提的是，这层由于气温过低因此没有安装任何电话虫。
地下五.五楼，新人妖乐园。
从大监狱的下水道进入后，穿越“不可能存在的路”才能到达的犯人们的秘密乐园（5.5区）。让许多犯人神秘消失的“魔鬼邀请”不过是个幌子。拥有从LEVEL1到LEVEL6的通道，所有楼层的犯人都可能进入。进入后，首领（安布里奥·伊万科夫）会将该人进行人身改造，使其改变成“新人类”。
地下六楼，无限地狱。
进去的都是些了不得的人，里面不是死刑犯就是终身监禁。根据安布里奥·伊万科夫表示，所关的罪犯为过于凶恶而从历史中抹消的怪物级人物，在这层的犯人都是十分强劲的家伙，下场死刑或终身监禁，由于在这层的犯人作恶多端，作出一些超出残酷程度的事件，所以普通人也不知道有这一层，甚至连报纸和世界政府也不敢公布。海底大监狱看守长雨之希留、卡特里娜·蒂波、巨大战舰圣胡安·恶狼、大酒之巴克斯·乔特、金狮子史基便是被囚禁在这里的。
胖子卷土问道：“你朋友悬赏金多少？”
“9000万贝利。”
“唔，那我要告诉你一个不幸的消息——因为冒险者成长速度过快，9000万贝利悬赏金的家伙肯定被关押到了地下五楼，极寒地狱......”
林萧：“好吧，我就知道。”
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